La passió per la pràctica del futbol estava ja consolidada a la Canonja durant l'any 1913 i prova
d'això és la fotografia que il·lustra la formació de l'equip canongí d'aquell any.jugaven els partits al camp que estava situat entre els antics termes de Masricart i la Canonja i que deixà d'utilitzar-se a començaments dels anys 40.
D'esquerra a dreta hi veiem, drets, el vigilant de nit Ignasi Mateu; el sastre Gasulla; Josep Queralt Veciana; Joan Queralt Gran; Josep Rovira Fortuny; Sebastià Canadell Rongés; Antoni Brosa; Lluís Tomás Llauradó; Josep Xatruch Boronat; Valentí Canadell Prat i J. Valverde. Asseguts hi trobem Antoni Rovira Fortuny; Sebastià Olivé Mañé; Marcel·lí Mateu Roig i Joan Canadell Rongés.
jugaven els partits al camp que estava situat entre els antics termes de Masricart i la Canonja i que deixà d'utilitzar-se a començaments dels anys 40.Equip del C.F. Canonja que aconseguí de classificar-se com a sotscampió Comarcal de l'any 1928.Eren temps difícils en la compaginació del treball i l'amateurisme esportiu però els resultats avalaven una bona trajectòria d'il·lusió.
D'esquerra a dreta Francesc, Ortuño, Josep M. Solé Gual, Josep Busquets Gran, Josep Bové Rull, Miró, Sebastià Queralt Fran, Abelard Veciana Forns, Sebastià Veciana, Ricard Veciana, Antoni Mañé Sendra, Joan Gurí Olivé i jugador X.
Equip del C.F. Canonja que aconseguí el primer lloc en la classificació del Campionat Provincial del seu grup durant la temporada 1943-1944.
D'esquerra a dreta i dempeus Josep M. Vilanova Mateu, Eugenio Villate, Marcel·lí Alberich Roig, Josep Esplugas Rovira, Francesc Munné Elias, Josep M. Qué Mercader, Facund Rimbau Fortuny, Joan Fortuny Tomás, Antoni Espinós Morell i Josep M. Guillemat. En segona línia i ajupits veiem en primer lloc el nen Raül Vilanova Mata que devia fer de mascota de l'equip; Ricard Roig Cañellas, Sebastià Busquets Gran, Francesc Arias Alberich, Josep Rion Altés i Ramon Gran Puig.
jugaven al camp de la part alta del carrer Sant Sebastià, antiga era de batre ja en desús durant aquells anys.
L'actual C.F. Canonja fou registrat oficialment a la Federació Catalana de Futbol el 13 de febrer de 1968. El primer president de la nova etapa fou Rodolf Rull Tibau. Es construí un nou camp de futbol a l'actual emplaçament del Col·legi Públic, a l'Avda. Carrasco i Formiguera, però uns anys més tard es canvià de lloc i s'emplaçà, amb més comoditat, dins dels mateixos terrenys municipals del centre escolar però una mica més amunt, en direcció cap a Bonavista. es va fer una remodelació important del camp d'esports municipal -per un valor de 35 milions- s'inaugurà durant la celebració del XVè Torneig de Futbol Base que organitzà l'Escola Futbol Base Sant Sebastià de la Canonja durant l'abril de 1995.
L'equip assolí la Primera Categoria Regional el 1993 i actualment (1998) es troba a la categoria de Segona Territorial-G1. Disposa d'una plantilla de 23 jugadors entrenats actualment per Ferran Mañé Bofarull. El seu president és Francesc Estellé Ros.
AL any 2007, és va fer una altre remodelacio del camp, és va fer de gespa artificial.
Actualment (2008) el nostre equip milita en la Primera Categoria Territorial, Grup. 6
En el año 2007, se cambio el tereno de juego por cesped artificial.